Еще в XIV в. на месте нынешнего костела стояли деревянные здания: часовня св. Иоанна и больница. Эта территория находилась уже за пределами средневекового города. Оба здания сожглись в 1419 г. Очередной костел, с готическими чертами, был уже каменным. Заново была построена деревянная больница, выполняющая функцию приюта для нищих и больных жителей Люблина. После пожаров в 1575 и 1602 г. костел был реставрирован в стиле люблинского ренессанса, появился новый пресвитерий, присоединенный к готическому нефу. Реставрация было закончена в 1610 г. В первой половине XVII в. возникли также две часовни. После очередного пожара в XVIII в. были подняты нефы, а к западному фасаду пристроили притвор и колокольню. В интерьере имеются барочные украшения, кое-где сохранились ренессансные лепные украшения. В главном алтаре находится икона Богоматери с Младенцем, которая в 1642 г., по всей вероятности, заплакала кровавыми слезами. После этого события костел стал целью многих паломничеств. Вместе с костелом в начале XVII в. была перестроена также больница Святого Духа: к комплексу построек принадлежала соединяющая часть, переброшенная над улицей, именуемая воротами Святого Духа. Больница подверглась разрушению и была ликвидирована в половине XIX в.